Séminaire thématique BIS2 – Atlas single-cell et méthodes de déconvolution : leçons apprises et défis Amphitheâtre – Centre de Lutte Contre le Cancer Eugène Marquis Rennes

Séminaire thématique BIS2 – Atlas single-cell et méthodes de déconvolution : leçons apprises et défis Amphitheâtre – Centre de Lutte Contre le Cancer Eugène Marquis Rennes Jeudi 4 juin, 09h00 Ille-et-Vilaine

Veuillez noter que le nombre de places est limité. Merci de vous inscrire.

Organisé par l’axe transversal BIS2, cet événement est parrainé par l’IGDR.

### PROGRAM

9:00 – 9:10 | Introduction
**IGDR**
9:10 – 9:40 Lucie Lamothe (Invited speaker, UGA UMR 5217, LIG, Grenoble)

* “A consensus-driven framework for building and sharing single-cell atlases applied to pancreatic ductal adenocarcinoma”

9:40 – 9:55 Luna Devemy (IGDR / Institut du Thorax, Nantes)

* “Understanding the protective effects of oleic acid in obese mice through single-nucleus reference-based deconvolution”

**Institut Agro – PEGASE, INRAE**
9:55 – 10:10 Fabien Degalez

* “Generation of a single-nucleus atlas of the adult chicken liver: impact of genome annotations and resolution approaches”

10:10 – 10:25 Guillaume Cossard

* “Single-cell guided deconvolution of RNAseq data from liver tissue of egg-laying hens: optimisation with benchmark data”

10:30 – 11:00 Coffee break

**Oncogenesis, Stress & Signaling (OSS)**
11:00 – 11:20 Flavie Benard (OMICs team, Inserm U1242, Université de Rennes)

* “Defining malignant cell states in glioblastoma by comparing gene signatures and scoring tools in published transcriptomics (single-cell and spatial) datasets”

**MOBIDIC**
11:20 – 11:50 Charles Brottier & Judikael Saout (Laboratoire SITI / Inserm U1236)

* “Deconvolution in Follicular Lymphoma : The Interplay Between Single-Cell References and Deconvolution Approaches”

11:50 – 12:10 Valentin Isen & Valeria Chahwan (Inserm U1236)

* “Integrating without erasing biological variations: how to build and transfer an atlas with strong batch effects”

12:10 – 12:15 Concluding remarks
Contact: [**Yuna Blum**](https://igdr.univ-rennes.fr/yuna-blum-0)
[**Télécharger l’affiche**](https://igdr.univ-rennes.fr/sites/igdr.univ-rennes.fr/files/medias/files/Affiche_BIS2_June2026.pdf)

Dates et horaires de début et de fin (année – mois – jour et heure) :
Début : 2026-06-04T09:00:00.000+02:00
Fin : 2026-06-04T12:30:00.000+02:00

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 https://framaforms.org/registration-to-the-seminar-single-cell-atlas-deconvolution-lessons-learned-and-challenges

Amphitheâtre – Centre de Lutte Contre le Cancer Eugène Marquis Centre Eugène Marquis Rennes Villejean – Beauregard Rennes 35000 Ille-et-Vilaine

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